Afhankelijk van het aantal landen waarvoor uiteindelijk bescherming wordt gezocht kan het doorlopen van de PCT-procedure mogelijk extra kosten met zich meebrengen ten opzichte de situatie waarbij binnen het prioriteitsjaar direct in de landen waarvoor bescherming gewenst is een octrooiaanvrage wordt ingediend. Een ander nadeel kan zijn dat de eventuele daadwerkelijke verlening van octrooi langer op zich kan laten wachten.