Na indiening van een Europese octrooiaanvrage wordt een verleningsprocedure mét inhoudelijke toetsing doorlopen. Dit wil zeggen dat niet alleen voor de aanvrage een nieuwheidsrapport wordt opgesteld, maar dat bovendien een toetsing aan de verleningscriteria (nieuwheid, inventiviteit en industriële toepasbaarheid) wordt uitgevoerd. Tijdens deze verleningsprocedure voert de aanvrager (of zijn octrooigemachtigde) onderhandelingen met de Europese Octrooiraad om een octrooi tot verlening te brengen. Hierbij is diepgaande kennis van de geldende octrooiwetgeving en jurisprudentie noodzakelijk. De onderhandelingen worden in eerste instantie schriftelijk gevoerd en kunnen resulteren in een zitting waarin de onderhandelingen mondeling worden gevoerd.